Navata sinistra

Vicino allo spigolo con la controfacciata si trova una serie di affreschi di Santi, della prima metà del Quattrocento.
Le pale degli altari laterali proseguono la serie di Storie della Passione iniziate nella navata destra. Il primo altare ha una Deposizione di Giovan Battista Naldini; seguono la Resurrezione al secondo e la Cena in Emmaus al terzo, entrambe opere di Santi di Tito; Al quarto altare l'Incredulità di San Tommaso di Giorgio Vasari, poi l'Ascensione di Giovanni Stradano e la Pietà di Agnolo Bronzino; chiude la serie la Pentecoste di Vasari.
Galileo Galilei è sepolto all'inizio della navata sinistra, dopo il primo altare, e nella stessa tomba giacciono il suo discepolo Vincenzo Viviani e, in base a un recente sopralluogo, a una donna, molto probabilmente sua figlia suor Maria Celeste. Il sepolcro di Galileo è decorato da un busto di Giovan Battista Foggini e le personificazioni dell'Astronomia (di Vincenzo Foggini) e della Geometria di Girolamo Ticciati. Gli affreschi di contorno sono resti della decorazione trecentesca della navata, attribuiti a Mariotto di Nardo. La tomba, posta simmetricamente a quella di Michelangelo, ne ricorda un po' le forme sebbene sia più tarda di un secolo e mezzo.
Desiderio da Settignano, tomba di Carlo Marsuppini
Tra le targhe commemorative una ricorda Antonio Meucci, inventore del telefono. Dopo il quarto altare si trovano le tombe dello storico Giovanni Lami, prima opera di Innocenzo Spinazzi (1772-1755), e quella di Eugenio Barsanti, inventore con Felice Matteucci del motore endotermico, con un busto bronzeo opera di Leone Tommasi. Davanti al quinto altare si incontra la lastra tombale di Lorenzo Ghiberti col figlio Vittorio.
Il monumento allo statista Vittorio Fossombroni è opera di Lorenzo Bartolini (1844 circa) ed è sormontato da un affresco dell'Assunzione di Maria attribuito ad Agnolo Gaddi.
Tra il quinto e il sesto altare si trova l'entrata laterale sinistra, sormontata dall'organo di Onofrio Zefferini da Cortona (1579), integrato e ampliato nel 1926.
Opera raffinata di Desiderio da Settignano è il quattrocentesco monumento a Carlo Marsuppini, posto simmetricamente e con forme simili a quello di Leonardo Bruni del Rossellino. Il Marsuppini fu il successore di Leonardo Bruni alla cancelleria della Repubblica fiorentina e il suo monumento riprese la forma ad arcosolio dell'altro, con eleganti decorazioni tra le quali Desiderio aggiunse alcuni delicati puttini, tipici della sua produzione.
Poco più avanti si trovano un monumento ottocentesco e il monumento a Leon Battista Alberti, opera di Lorenzo Bartolini.
Chiudono la navata, quasi all'imbocco del transetto, i monumenti ottocenteschi al musicista Luigi Cherubini e all'incisore Raffaello Morghen (1854), opere entrambe di Odoardo Fantacchiotti (il secondo è solo un cenotafio voluto dagli allievi del Morghen, che è invece sepolto nella chiesa di San Martino a Montughi).


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